进入新世纪后，《花木盆景》杂志在内容和形式上不断求新求变，逐渐形成了自己独特的风格。2000年1月，《花木盆景》在业内率先将内文改为彩印：2001年1月，《花木盆景》杂志半月刊出版，上半月出版花卉园艺版，下半月出版盆景赏石版，进一步缩短了出版周期，栏目设置更注重科学性、知识性、技术性、实用性和艺术性的结合，深受读者的欢迎；同年10月，杂志从骑马钉改为胶钉，视觉上更为美观。
2001年5月，第五届中国盆景评比展览在苏州虎丘风景区举行，《花木盆景》详细报道了这一盛况。展览同期，花木盆景杂志社还举办了第四届学术交流会，来自全国23个省、市、自治区及香港的1 50余名代表参加了会议。
2001年7月，中共湖北省委宣传部、湖北省新闻出版局、湖北省科学技术厅联合发文授予《花木盆景》杂志“第四届湖北省优秀期刊”称号。
2001年10月，本刊编辑部主任张衍泽主编的《花木盆景休闲系列丛书》获第五届中国花卉博览会银奖。
2001年1 1月，花木盆景杂志编辑部正式更名为花木盆景杂志社，张衍泽同志担任社长、总编辑。
2008年9月29日至10月5日，首届中国唐风盆景展在西安中国唐苑成功举办，本刊自这一盛事开始筹备到完美谢幂进行了全程报道。