树桩盆景的盆钵内土壤有限，因而养分也有限，应注意肥料的补充。树桩盆景因其小中见大的艺术特性，不可施肥太多、太频繁，要掌握施肥含量、种类，把握施肥季节。选用肥料应根据树桩种类和其生长态势，按照植物生长养分的三方法而确定。
氮肥可促进树桩枝叶生长，磷肥可促进其花、果实形成，钾肥可促进茎干和根部的生长。需要使树桩枝繁叶茂，可多施氮肥类;需要树桩多出花果，则可增加磷肥含量;需要根干粗壮发达，可多施钾肥。
施肥方式一般又分迟效性施肥和速效性施肥。迟效性施肥一般是将有机肥粉碎、腐熟后按一定比例混入土壤中，在换土时，掺入盆中，让其慢慢提供养分;速效性施肥则是将有机肥或化肥稀释后，根据树桩的季节性生长需要进行施肥，注意不可过浓，新栽树桩不宜进行此类施肥，雨天施肥，肥效易流失，效果不好。