生桩新根系统未生长形成时，全靠树的根皮和干皮吸水供养，对水的依赖较强。缺水时桩坯干燥脱水，会危及生命。水分过多时，有的树种易腐烂，必须掌握干湿得当，才不会脱水，也不腐烂。金弹子、黄荆、黄葛树等耐水湿，偏湿比偏干易成活。
因为生桩的特殊情况，水分管理的措施要做到根要干，干要湿。干不是土内及表土不保持湿润，而是呈游离水不呈饱和水状态，不使土内缺少空气。这就要在浇水时，心中有数，什么时候该浇水，浇多少水，严格掌握。浇水依据气温、土壤含水的多少，’树种耐水性、树叶的多少及阳光风力的程度来判断和掌握。
树干部位保湿应用于生桩的水分管理上很有效。供给树干水分能促发芽、长叶、生枝，改善小气候，加快生长速度。干部保湿的方法是干部缠物，常喷干部水增加含水量延长湿润时间，大型树桩可用慢速滴水法，保持干部的湿润。
生桩上肥要谨慎，一定要判断准确，根系已初步形成后，才能适量进行。根系是否初步形成通过枝叶的生长速度可以观察判断，凡叶色较深，枝条粗壮，叶柄有力，叶腋处有芽孕出者，新根已经长成。有时松土能见到土中有细根长出。这种长势的树桩，睌春到初夏即可上淡肥。新枝生长呆滞无生气，生长速度较慢者，根系发育不好，可至秋凉再施。无根生长的弱势树桩可不施肥。
生桩上肥忌化肥，以有机肥为好。掌握熟、薄、勤、随水而行的原则，一定不浇浓肥。稀释比例达1：10较安全。用肥时气温在30℃以下。第一次用肥4小时之内要及时观察，看叶面有无失去光泽或生气、叶柄下垂，呆滞无力的现象，防止肥害发生。第二天及时还一次水，以利吸收。
掌握好熟，薄、勤，随水而行的原则，即使根系很稚嫩，也不会产生肥害。有机肥在土内继续分解，能逐渐培肥土壤，增加土内有机质，使盆土疏松透气，在较长的时间里有利树桩的生长。