灵芝盆景生产中菌丝培养阶段可按普通生长条件进行管理。在原基础出现后满载培养基表面盖上一层塑料薄膜，在薄膜上按需要打一个直径1～2厘米的圆洞，紧贴培养基表面，洞的周围用铁片围住，迫使子实体从洞中长出，再视盆景的造型进行管理。
菌盖加厚：将已形成菌盖而未停止生长的灵芝，放在通风不良的环境下培养，菌盖下面形成增生层，可比正常菌盖厚1～2倍。
子母盖：在加厚培养中，继续控制通风条件，可从加厚部分长出二次菌柄，在通风保湿，即可长出一个或多个小盖。
鹿角状分枝：在原基形成初期，给以正常的温、湿、光条件，但控制通风条件，菌柄上出现许多分枝，越往上分枝越多，并渐渐变细，顶端不发育成菌盖，形似鹿角。
在造型确定后，采用物理和化学等手段，以达到造型的目的。如药物刺激，给正在生长的菌柄前端涂上药物，可出现柄粗、分偏枝、结巴的菌盖；光诱导培养，灵芝生长有明显的趋光性，生长点向有光的一面生长，当菌盖生长到一定程度时，改变光源即可改变灵芝的形态，形成奇特的造型。
造型的灵芝成熟后，经过打磨、修饰、粘贴、涂保护膜等工艺处理，在根据造型给盆景命名，装人工艺盆中，便成为一件精美的工艺品。