许多盆景树种都可以通过采取适当修剪老根的方式来促使植株萌发新根，以保持良好的长势。珍珠黄杨亦是如此，由于其根系萌发能力强，在花盆中长上2年，其须根基本上就会布满盆底。密集的根系往往会对浇水造成一定阻碍，影响水分渗透和排除，让养分不能及时被吸收、输送，从而会影响植株的正常生长。所以必须适时做好翻盆修根处理。
珍珠黄杨的上盆并不受严格的时间限制，通常一年四季均可实施，但通常以每年的3-10上盆效果更佳。所以，对珍珠黄杨的翻盆修根，建议在这个时间段进行。如果通过修根能解决根系过多、过密的问题，翻盆时可以使用原盆；但如果通过修根也无法解决根系过密的问题，那么建议换上一个更大一号的花盆重新上盆。
珍珠黄杨的翻盆可以根据植株的生长状况来决定，但换盆时的修根环节必不可少。 那么，珍珠黄杨怎么修根呢？珍珠黄杨的修根一般是结合翻盆进行的，通常需要剪除生长过密、过长的根系。但在之类又要分几种情况进行修根处理。
1、如果珍珠黄杨萌发的新根出现生长不良的现象，而且根系并没有出现生长过密且渗入到盆底的话，通常我们只对其进行翻盆处理，不需要对其采取修根手段，而且也可以继续使用原盆。
2、如果珍珠黄杨的根系分布十分发达，已经出现须根密布盆底的话，我们除了要为其准备一个更大一号的花盆之外，还应当采取科学的修根处理，让其根系疏密有致。主要是剪除生长过于密集的根系，同时清理掉老根，通常只需要留存一些新根即可。
珍珠黄杨的修根完成后，我们要及时进行翻盆。珍珠黄杨的翻盆一年四季皆可，但通常选择在植株进入休眠状态后或梅雨期间进行，效果最好。而在翻盆时，为了提高盆景的观赏性，通常我们还可以对植株适当进行提根处理。
当然，珍珠黄杨正常情况下的修根是在翻盆时进行，但有时我们也会因为养护工作没有做好而出现烂根现象。当珍珠黄杨出现烂根时，尤其是在烂根程度比较深的情况下，我们也需要对其进行修根处理。不过，这种情况下的修根多以剪除根系腐烂部分为主，其次老弱病残根系，最后是生长过密的须根。