1、土壤除由大量矿物颗粒组成外，还包括大量腐殖质，存在大量的有害病毒、细菌、真菌、虫、虫卵和寄生杂草，以及大量生物残体。有机肥料的施入，加重了土壤污染的程度，成为盆景植物病虫害的发源地。为消除存在病虫害风险，还要耗用大量的人力物力。而作为近距离欣赏的艺术品的附属物（土壤），与盆景观赏的要求也是格格不入的。
2、土壤中存在大量微颗粒，容易发生板结和大颗粒之间粘结，使根系通气不良，这样根系呼吸作用缺乏氧气，而产生的二氧化碳又难以散发，便会出现大量的无氧呼吸，不仅提供生物能量大减，而且产生的有害中间产物又会使根系中毒，大大减弱根系吸收能力。
3、日常使用的有机肥料，添加在土壤中，经细菌分解作用，分解成能为植物直接吸收的无机态元素，这过程既增加了土壤的二氧化碳浓度，又增加了污染源和有害细菌源而伤害根系。
4、由于受盆盎限制，盆景植物中土壤是有限的。而多数使用的是菜园土，一天一次浇水，水从盆底漏出，毛细管从土壤中吸收水分，真正充裕的水量供给只有几十分钟时间，之后又不能及时补充。所以说，现在许多盆景植物基本上都处在缺水状态下运行，对某些个别树种影响，较为严重，不利于盆景植物的生长。
5、受盆盎和土壤限制，根系在高温季节呼吸作用强度过高，抑制了有氧呼吸，同时累积的无氧呼吸有毒物质，导致蛋白质变性，影响根系的吸收能力。
综上所述，盆景植物用土壤栽培时，普遍存在病虫害威胁、根系呼吸作用效能差、植物长期供水不足等弊端，表现为盆景植物主干增粗慢、枝叶不够挺拔、根系不发达、萌发力弱等现象。因此，用土壤栽培方法克服盆景植物生态不平衡，是难以做到的。虽然经过精心培育，暂时会得到一定程度的好转，如一般管理，盆景必将会出现植物老化、缩枝、死亡等生理现象，所以才有“盆景养成之日，就是生命终结之时”的说法。
当然，在大自然的树木，根系发达占地广，自我调节和净化能力强，很容易找到生态平衡点，适者就能长期的生存。