第一部是修剪根部，当植株由大盆(或地里)取出时，要先浇水，以减少根部所受压力。之后洗净泥土，并将根部大量修剪，以适应新盆的大小。不要怕剪。只要逐步剪，剪到可以装入新盆并留有足够生长空间。
很多盆景的根部也是非常重要的欣赏部份。所以修根所指的并非土下面的根部，连土面上的树根都要修整。这包括非常违反自然(甚至残酷)的修整方法。比如说，在树干的底处用铁丝或铜线紧紧锁住，阻止养份由根部向上输运到树干及树枝，这样就迫使树木在铁丝上方生出新的根部，这新的根部就露出土面，成为新的观赏部份。(这方式日语叫做Nebari。)
另一个方法是利用换盆时，将根部提高。平时盆栽，专家都一再强调，新盆的土面要与原有的盆一样，不要种太深，更不要种太浅。但在盆景时，为了让根部突出于土面，反而要将植株稍为提高，使部份根部突出土面。这样每年换盆时都提高一点点，露出的根部就越来越多。等露出的根部相当多时，就可以在土面修根，使之达到自己要的形态。(下：榕树的根部很有观赏价值，因此要使榕树根露出土面，是制作盆景的重要功夫之一。)
我还常见到有人用石头修改根部的形状。这跟我在野外经常见到的很像。就是植物生长期间，土面有大石块，植物的根部就自然围绕着石块生长。而做盆景的人想达到这效果，会故意放一个美丽的石块在植物的根部，让根部围绕着石块生长。这样看来非常违反自然，但其实在大自然，这样的情况非常普遍。
因为这石块将是盆景一个重要部份，因此选择石块也十分重要。石头的形状、颜色、大小都要考虑。(下面是我分别在美国大峡谷，及安省树林中见到的，树根抱石的真实情景。)