使用时需选择：排水性良好、保水性佳、保肥力佳、透气的土壤。一般我们建议最好用颗粒土，选择颗粒径在0.5毫米到6毫米之间，盆底可以用大颗粒的铺这也有利于排水透气，上部的用小颗粒的有利于保水护根。
通常选择无机土壤介质（轻石，风化石，赤玉土，火山石，桐生砂等），将他们混合在一起组合使用，一般建议选择三四种以上的介质。
一般将赤玉土选择为主料，混一点其他土搭配使用，土壤的多样性可以满足植株树桩对土壤养分的需求，也可以尽可能的保障透水透气又有一定的保水性。只有植物的根长得好，整颗植株才有稳固的基础新陈代谢。
微型盆景盆土少，盆内空间小，树桩的根部生长被约束限制，植株整体体抗力、适应能力、耐环境影响能力都会更弱。那野外的树桩为何能在空间小甚至几乎没有土的恶劣环境下生长呢，多数人知其然不知其所以然，
实际上，野外植物有一个优胜劣汰，死的便死了，能够生长的则顽强生长，看似没有土，其实树木的根已经长得了土壤深处，且已经生长壮大。
而当我们把野桩采集回来，我们往往会发现他生长的并不好，甚至有些树种死亡率很高，这就是因为树桩的环境改变了，树桩很难及时适应。通常我们需要用更好的土壤以及更细心的养护才能使得其回复生长。
施肥原则和注意事项施肥应根据季节的变化、树种特性和不同生长阶段的需要，掌握施肥的种类和施肥量，做到适时、适量。一般在春末和夏季，植物进入生长旺盛期，要多施肥：入秋后生长速度缓慢应少施肥：冬季大多进入休眠期，应停止施肥。
观叶类盆景，以施用氮肥为主，磷、钾肥为辅。雀梅、黄杨、五针松等盆树假如过多地施用磷肥，会盛开无观赏价值的小花，影响新枝抽生。六月雪、石榴、火棘等花果类盆树，除了氮肥之外还得多施些磷、钾肥。施肥营养液浓度在200:1最合适，100:1浓度偏高不推荐。
越是小的微型盆景越要做好定期杀菌消毒的工作，这也是保持寿命的非常重要的一环，同时这也是日本的一些微型盆景可以养护多年的秘诀之一。 定期喷代森锰锌，多菌灵，百菌清，波尔多液， 甲基托布津等杀菌剂，防止病害，勤于消毒。