一般来说大体上分为有机肥和无机肥两种。多数时候，一些盆景书上会告诉大家，要施用有机肥，少用无机肥。但其实，有机肥是不能被树桩所直接吸收的。所有施用的有机肥一般都必须分解为无机物后才能被植物所吸收。所以有速效肥和缓效肥的差别。降解时间相对长的有机肥一般我们将其作为底肥，属于长效肥料。有机肥是通过土壤的微生物来进行分解的，如梅。施用有机肥的目的其实更多的是增加土壤的微生物以促进土壤活化。
新栽植、初上盆或新换泥土的树桩盆景，由于根系受到损伤，暂时可不施肥，待到来年开春或初夏、盆树生长旺盛时多施肥；入秋后盆树生长缓慢应少施肥，冬季盆树已进入休眠期应停止施肥；在雨天或盛夏高温的中午前后不宜施肥，因雨天施肥易流失，并易伤根系；且高温时，水份蒸发快导致肥液浓度过高而引起烧根；阴天或傍晚时施肥最好；若盆土稍干时，应先除去盆内杂草，并松土后，再施肥；这样有利肥水渗入土中，促使肥料加速分解被吸收和利用，同时又可避免药害。
树桩盆景施肥量应掌握少量多次的原则，每次施肥量要少、要稀薄；大树桩和枝叶繁盛的盆景应适当多施肥；反之则应少施；一般立春到立秋这一较长的旺盛生长期内，应每隔10天施一次稀薄肥水，即7份水、3份肥，也可用4—6％的磷酸二氢钾、春泉883、肥力宝、惠满丰等液体肥料进行根外施肥则效果会更好，立秋后可每隔20天施用一次肥料，且施肥量应渐次减少，立冬后则不再施肥。
氮肥能促使植株生长繁盛，孕蕾多，常用的氮肥有豆饼、硫酸铵、尿素和经高温腐熟的人畜大小粪便等；磷肥促进花色艳丽，果实肥大，如施过磷酸钙、碎骨料。根外喷磷酸二氢钾等；钾肥促进根系发达、物质运输、植株坚挺，常施用的如硫酸钾、氯化钾、草木灰等。也可根外喷施磷酸二氢钾溶液等；同时应根据植株生长情况分别施肥，还要按树种特性和生长情况而定灵活掌握。