山水盆景的养护主要是其中植物的养护，一般用土都很少，根系发展受到条件限制，植物生长受到抑制，管理不当极易造成干枯或死亡。因此必须细心和耐心的养护。其主要内容有浇水、施肥、遮荫、修剪、病虫防治、防寒等。浇水一般采用喷浇、喷雾两种方法，应掌握的要领是细慢勤匀，浇水时水流要细、慢，不可太猛、太多，这样不但蓄不住水，还会把土冲走，要浇匀，必须把泥土湿透。吸水石上的植物浇水比较容易，只要水盆中经常保持有水，植物便可吸收，但由于山石上的栽植洞穴都比较小，土壤持水性很差，尤其植物较大时，夏季高温干旱必须每日对植株和山石进行喷水2～3次，春秋视天气变化实际情况，每日1～2次，冬季二至数日喷水1次。
如是不吸水石料所作盆景，必须对栽种植物的地方经常反复喷水，保持土壤的湿润。浇水水量还应根据不同品种喜干、湿的习性分别对待。对没有点种植物的彩色硬石和吸水石也要经常喷水，以冲洗山石表面的灰尘，同时使山石增色。由于山石上栽种植物的土少，又不便换土，植物生长所需营养受到限制，因此必须经常施肥，才能生长良好。施用无机肥清洁卫生，如能配制成营养液浇施最为理想，但浓度不可高，一般0.2％～0.3％为宜。同时要坚持量少勤施。
山水盆景上配植的草木，一般都弱小幼嫩根系浅，山石上的青苔都经受不了日光的曝晒，因此必须增设适时的遮荫措施，尤其炎夏更为重要。修剪工作也不应忽视，如果经常不进行修剪，枝叶乱长，就破坏了整个盆景艺术造型的形象。防治病虫害工作要随时经常检查，一旦发现要即时防治。彻底根除。山石上配植的植物由于土少、根浅，耐寒力极差，如遇低温寒流袭击易遭冻害，同时疏松的吸水石料也易冻结，导致山石干裂。因此，山水盆景一般都不宜在室外过冬，应置于适宜的室温内越冬。
山水盆景如在室内养管，盆内可四季蓄水，如在室外，春、夏、秋三季盆内必须蓄水，而冬季应将水去掉干养。蓄水的盆景要经常换水，以保持盆水的清洁，如长期不换水会引起盆水污浊，不但影响植物生长，而且既不卫生又有碍美观。因此，不但要换水，还要定期的将盆里面洗刷或擦除干净，以防藻类植物和其他污染，如已有污染可将少量硫酸铜溶解于水中，便可清除干净。
对于高大的山水盆景，在有台风的地区，在台风季节要避免山倒盆碎。在搬动山水盆景时抓住主要部分，小心轻放，以防断裂。特别要注意保护山脚，以防损坏。