在山石上植花木，要选择根系发达、易活的矮生苗木，以叶子细小的为好．苗木大小要与山石比例协调．山石的花木栽植不宜过密，青苔只能长在低凹处，凸出的岩石上的青苔应当铲除。这样才能突出山石险峻，反映自然景色。
山水盆景的花木须与山石融为一体。山顶上的树宜矮小结顶且枝干虬曲；山背种树要通直露顶；山坡植树忌通直无姿；悬岩峭壁处植树，最宜苍老虬曲，并要有一定的耐旱力．山脚水边植树，要选择湿生树种．这样种植既符合自然植被分布，也容易管理。
植物的栽种方法：如果是松质石料，在石料加工时可保留出栽种植物的洞穴，洞穴尽量在山石侧面或背面，口子要小，里面要大，这样存土易，有利于植物生长。若是硬质石料，则在胶合石料时做出洞穴。洞穴以能直达底部为最好，因为便于汲水。
如不能直达底部，就必须在洞穴底部为下出水口，这样洞穴里便可栽种植物。有的没有条件做出洞穴的，可用棕皮将植物根部带泥包好，扎缚在山石背面，使植物从石侧伸出来。种植在山石上的植物多可自行汲水，不一定再从上面浇水了；如果汲水有困难，必须注意经常浇水，以防干枯。另外山石盆景中的植物必须配置一恰当，才能收到好的效果。