矮牵牛花Ph Ts2的克隆及生物信息分析 - PenJing8|盆景吧
矮牵牛花Ph Ts2的克隆及生物信息分析
2020-07-16 19:06:39  浏览:15
1   Ph Ts2 的克隆及生物信息分析 
 
克隆得到 Ph Ts2 的 c DNA 长度为 942 bp,其 CDS 序列为 855 bp,编码 284 个氨基酸(图 1)。该基因编码蛋白的分子量为 29.78 k D,理论等电点为 5.90,不稳定系数为 27.64。Plant-m PLoc 预测其定位于叶绿体中。Pfam 数据库检索发现该蛋白具有保守的 adh_short 结构域,该结构域通常由250 ~ 300 个氨基酸组成,能够编码一类短链乙醇脱氢酶 short-chain alcohol dehydrogenases(Villarroya et al.,1989)。 

矮牵牛花Ph Ts2的克隆及生物信息分析
 
通过 Blastp 检索,选择其他 9 个物种的同源蛋白进行进化分析:玉米 Zm Ts2(NP 001105322.1)、水稻 Os Ts2(XP 015628717.1)、高粱 Sb Ts2(ABD39546.1)、拟南芥 At ATA1(NP 189882.1)、甜橙Cs ATA1(XP 024948801.1)、毛果杨 Pt ATA1(XP 002312493.3)、葡萄 Vv ATA1(RVW27600.1)、烟草 Nt ATA1(XP  016461405.1)、番茄 Sl ATA1(XP  019066403.1)。

矮牵牛花Ph Ts2的克隆及生物信息分析

系统进化分析表明 Ph Ts2 蛋白与同科植物烟草和番茄的同源蛋白亲缘关系较近,其序列一致性为 92.63%,而与单子叶植物玉米、水稻及高粱的同源蛋白间亲缘关系较远(图 2)。多序列比对发现 adh_short 结构域在这些不同物种的同源蛋白间相对保守。 
 

2   Ph Ts2 的时空表达模式分析 

矮牵牛花Ph Ts2的克隆及生物信息分析
 
通过 q RT-PCR 对 Ph Ts2 的时空表达模式进行分析,发现 Ph Ts2 主要在花芽发育的早期表达,而且具有很强的组织特异性,只在花药有很高的表达,在其它组织中表达量很低(图 3)。 

矮牵牛花Ph Ts2的克隆及生物信息分析
 
对 Ph Ts2 在花药发育过程的表达进行分析发现,该基因同样在发育的早期表达,与在花芽中的表达模式类似(图 4)。